Nú hefur skipulagi skólaársins í FMOS verið breytt. Skólaárið skiptist áfram í tvær annir, haustönn og vorönn, en hvorri önn er nú skipt í tvær 8 vikna spannir. Um er að ræða tilraunaverkefni til tveggja ára.
Á hverri spönn taka nemendur að jafnaði 15-20 einingar, eða 3-4 áfanga, eftir námsmarkmiðum hvers og eins. Fullt nám er 30 einingar á önn en þeir nemendur sem stefna að því að ljúka stúdentsprófi á þremur árum þurfa að ljúka að jafnaði um 35 einingum á önn.
Með þessu fyrirkomulagi taka nemendur færri áfanga í einu og geta þannig einbeitt sér betur að náminu á hverju tímabili. Fyrirkomulagið fellur vel að áherslum FMOS á leiðsagnarnám og fjölbreyttar kennslu- og námsmatsaðferðir sem miða að því að mæta ólíkum þörfum nemenda.